U.C.0097—— 『拉普拉斯之盒』開啟後的一年。儘管提及新類型人及其權利的『宇宙世紀憲章』對外公 ???? ,世界的格局依然沒有出現重大的變化。後稱『拉普拉斯事變』的紛爭,隨著新自護殘黨『帶袖』的瓦解而看似終結。但在那場最後的戰鬥中, 2 架全.精神感應框架規格的 MS ,展現出了超越人智的強大力量。白色獨角獸和 ???? 黑的獅子, 2 架機體所帶來的威脅,理應隨著封印從眾人的意識中遠去,被人徹底遺忘 …… 但是, 2 年前下落不明的 RX-0 獨角獸高達 3 號機,其身影卻再度出現在了地球圈上。金色的「不死鳥」 …… 其名為,鳳凰。