幕末時期，地球人與外星人「天人」共處的大江戶歌舞伎町，因缺錢一直拖欠房租的萬事屋三人組：銀時（小栗旬飾）、新八（菅田將暉飾）、神樂（橋本環奈飾），接受了微笑夜總會店長的委託，準備接待一位幕府中不得了的大人物。沒想到，這位大人物竟然是征夷大將軍德川茂茂（勝地涼飾）！另一方面，真選組鬼之副長土方十四郎（柳樂優彌飾）正被攘夷浪士們包圍，就在他準備拔刀迎戰的剎那，身體竟突然不聽指使地向浪士們下跪求饒！而此時「真選組」爆發內鬥，遭遇前所未有的存亡危機，將軍也被迫捲入這場陰謀中，全江戶開始動盪不安，萬事屋與阿銀也迎來最大的危機 …