承接上集故事，隨著第二學期的開始，暗殺時間只剩半年。正當混亂的學園祭結束， E 班好不容易獲得片刻寧靜之際，一直潛伏校園的殺手竟露出真面目，準備展開暗殺行動 ! 此時，殺老師也道出自己不為人知的過去 … 逐漸分岐的 E 班，到底該對殺老師選擇「暗殺」還是「救贖」？另一方面，「殺老師最終暗殺作戰」也即將展開，隨著破壞時間分秒逼近，地球的命運將會如何？潮田渚和其他同學們，又能平安地迎接畢業典禮嗎？