葛城美里帶領著原屬 NERV 的一些人員，脫離了 NERV ，成立了新的組織 WILLE ，與 NERV 對拒，目標是要殲滅所有隸屬 NERV 的 EVA 。鈴原東治的妹妹，也在美里這個組織工作。今集出場的還有渚薰，他將與碇真嗣一起駕駛 13 號 EVA 出動。